Podnet k zriadeniu ústavu pre slepých dalo ministerstvo sociálnej starostlivosti. Zriadený bol výnosom Ministerstva školstva a národnej osvety zo dňa 25. januára 1922. Ústav bol otvorený 1. mája 1922. z jedenástich prihlásených nastúpilo deväť chovancov vo veku od 8 do 15 rokov. Do konca roku 1922 pribudlo ďalších 15 žiakov.

V školskom roku 1923-24 mala škola už 36 žiakov. Prvým riaditeľom školy bol menovaný Adolf Fryc, ktorý dovtedy pracoval v Deylovom ústave pre slepcov v Prahe.

Medzi učiteľmi, ktorí významným spôsobom ovplyvnili chod školy musíme spomenúť Viliama Hrabovca, autora reliéfnych máp, glóbusa a iných špeciálnych pomôcok pre nevidiacich.

Od roku 1938 bol poverený vedením ústavu Jozef Szász, riaditeľ Štátneho ústavu hluchonemých v Komárne. Škola
sa rozrastala, dosahovala pekné výsledky, no prežila i ťažké obdobia, ako napríklad posledný rok druhej svetovej vojny. V škole zriadili vojenský lazaret, učiteľov povolali do armády, žiakov vysťahovali, väčšina odišla domov. Po oslobodení Levoče sa budova školy za krátky čas znova vrátila pôvodnému účelu. Vyučovať sa začalo v školskom roku 1945-46. Riaditeľom sa stal Jám Šoltés, ktorý sa vypracoval na vynikajúceho odborníka a pokračoval vo významných tradíciách slovenskej tyflopédie. Na jeho podnet vznikli v škole dve oddelenia pre slabozrakých žiakov, postupne boli spracované špeciálne učebnice, začali vychádzať časopisy pre nevidiacich. Učiteľ Jozef Vrábel sa zaslúžil o vznik prvej slepeckej tlačiarne na Slovensku, ktorá najprv sídlila v škole, neskôr dostala vlastné priestory .

V roku 1958 začala svoju činnosť materská škola pre zrakovo postihnutých a pribudli aj triedy pre zrakovo postihnutých žiakov s poruchou intelektu. Ďalšími riaditeľmi školy boli Juraj Mráz, Jozef Milčák a Ladislav Gajdoš.

Modernizácia školy začala v osemdesiatych rokoch za výraznej podpory Švédska a Nemecka. Po roku 1989 prišli do školy nové učebné pomôcky aj z iných krajín. Od septembra 1991 pracuje pri škole špeciálno-pedagogická poradňa. Za podpory Nadácie Hilton Perkins boli pripravené podmienky pre vzdelávanie zrakovo postihnutých detí s ťažkým telesným postihnutím. Od roku 2003 je škola bezbariérová.

V roku 2010 bola škola premenovaná na Spojenú školu internátnu. Medzi organizačné zložky pribudli Praktická škola a Základná škola pre žiakov s narušenou komunikačnou schopnosťou.